AlphaFold 3: революция в предсказании структуры белков

AlphaFold изменила биологию в 2020 году, предсказывая структуру белков по их аминокислотной последовательности. Версия 3, вышедшая в 2024 году, делает следующий шаг.

Что нового

Если AlphaFold 2 предсказывала только структуру одиночного белка, AlphaFold 3 моделирует взаимодействие белков с ДНК, РНК, малыми молекулами (лекарствами), ионами. Это качественно новая возможность.

Точность

По бенчмаркам взаимодействия белок-лекарство — точность на 50% выше существующих методов. Для белок-ДНК взаимодействий — на 40% лучше.

Применения

• Дизайн лекарств: ускорение в разы
• Понимание генетических заболеваний на молекулярном уровне
• Синтетическая биология, инженерия ферментов
• Агрохимия — оптимизация пестицидов и удобрений

Доступ

AlphaFold 3 доступна через AlphaFold Server — бесплатный веб-сервис для исследователей. Коммерческое использование требует лицензии.

Что дальше

Следующий шаг — моделирование клеток целиком, с тысячами взаимодействующих молекул. Это пока за пределами вычислительных возможностей, но только пока.